L'auto-entrepreneur doit acquitter la TVA sur les marchandises importées en provenance de pays tiers mais il n'a pas la possibilité de la déduire, comme c'est déjà le cas pour les opérations qu'il effectue sur le territoire français.
Une instruction de l'administration des douanes précise que l'auto-entrepreneur, même dispensé d'immatriculation, doit se faire enregistrer auprès du bureau de douane territorialement compétent, dans la base communautaire des opérateurs économiques pour avoir un numéro d'immatriculation EORI. Ce numéro est valable dans toute l'Union Européenne et doit être utilisé comme identifiant par l'auto-entrepreneur pour faire ses déclarations d'importation auprès des autorités douanières.
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